3D Crystal Viewerヘルプ

基本の操作(回転)

画面上でマウス・ドラッグすることで結晶の方向を極座標(θ,φ)上で動かすことができます。キーボードの方向キー(↑↓←→)を押すことでも方向の変更が可能です。現在表示中の角度は画面右端に数値で表示されます。

*方向キーによる移動は同時にSHIFTキーを押しながら操作すると大きなステップで動きます。

表示の調整

画面右下の[+][-]ボタンをクリックすると、拡大率および遠近感を調整することが出来ます。遠近感の値は小さいほど平行射影に近い形になり、大きくすると結晶に接近して見たようになります。

ベクター画像の取得

画面右上の[SVG]ボタンをクリックすると現在表示中の結晶画像をSVG(Scalable Vector Graphics)として取得することができます。表示されるSVGのテキストをコピーし、テキストファイルとして保存してください。ファイル拡張子が必要な場合は".svg"とします。SVGファイルは、この形式をサポートするWebブラウザ等で閲覧できる他、Drawソフトに読み込んでベクター画像として使用することが出来ます。

結晶構造の編集

画面右上の[EDIT]ボタンをクリックすると結晶のデータ(XML形式)を編集することが出来ます。下記のフォーマットに従って記述することで、任意の結晶や分子モデルを表示することができます。データは主に原子サイトを記述する"<site />"と、ボンドを記述する"<bond />"で構成されます。メタン分子の例を以下に示します。

<?xml version="1.0" ?>
<crystal title="Methane">
<site id="C1" position=" 0.0, 0.0, 0.0" color="#33cc00" />
<site id="H1" position=" 0.5, 0.5, 0.5" color="#ffcc00" />
<site id="H2" position="-0.5,-0.5, 0.5" color="#ffcc00" />
<site id="H3" position=" 0.5,-0.5,-0.5" color="#ffcc00" />
<site id="H4" position="-0.5, 0.5,-0.5" color="#ffcc00" />
<bond site1="C1" site2="H1" />
<bond site1="C1" site2="H2" />
<bond site1="C1" site2="H3" />
<bond site1="C1" site2="H4" />
</crystal> 

結晶データXMLの構文

結晶データXMLの構成要素は以下の通りです。

要素:crystal 結晶(単一ルート要素)

<crystal title="Title">
 : <!-- ここにsite、bond、その他の要素を記述 -->
</crystal>
Title:タイトル
- 結晶構造の名前を記述します

要素:vector 基本並進ベクトル(省略可能)

<vector a1="x1,y1,z1" a2="x2,y2,z2" a3="x3,y3,z3" />
x1,y1,z1:ベクトルa1の成分
x2,y2,z2:ベクトルa2の成分
x3,y3,z3:ベクトルa3の成分
- 3つの基本並進ベクトルの成分を設定します。

* この要素を省略すると互いに直行する長さ1の単位ベクトルが基本並進ベクトルに選ばれます。

* 表示される原子の直径は最も短い基本並進ベクトルの長さの1/4になります。

要素:center 結晶中心(省略可能)

<center position="i, j, k" /> 
i, j, k:中心位置
- 結晶の中心位置座標を基本並進ベクトル系の3成分で指定します。

*この要素を省略すると中心は原点(0,0,0)になります。

要素:site 原子サイト

<site id="SiteID" position="i, j, k" color="Color" /> 
SiteID:原子サイトの識別名
- 任意の英数字の名前をつけることが出来ます。これはbondでサイトを指定する際に使用します。
i, j, k:サイトの位置
- サイトの位置座標を基本並進ベクトル系の3成分で指定します。
Color:原子の色
- #RRGGBBの各256階調16進表示で原子の色を指定します

要素:bond 原子間ボンド

<bond site1="SiteID1" site2="SiteID2" color="Color" /> 
SiteID1,SiteID2:サイトID
- ボンドを形成する2つのサイトのID(siteのid属性で指定したもの)を記述します。

*原子のサイトIDは、結晶を表示している画面で原子をクリックすることで確認出来ます(画面右に表示)。

Color:ボンドの色
- #RRGGBBの各256階調16進表示でボンドの色を指定します

*色指定を省略すると黒色(#000000)になります。

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